基因组生物学关于NCBI SRA关闭的社论

美国政府资助的国家生物技术信息中心(NCBI)最近宣布,它将撤回对它的资助顺序读取存档(SRA),它的短读测序数据库。在生物医学中心,我们认为免费获取数据是科学工作的一个关键要求,所以我们经常要求作者将他们的数据提交给SRA。SRA的关闭将因此影响作者和期刊在数据可用性方面的政策。

为了消除围绕NCBI声明的一些不确定性,基因组生物学询问了5位对关闭数据库感兴趣的科学家的意见,他们要么参与数据库本身的维护,要么作为数据库的用户。这些观点已于今天发表在一份编辑.这篇社论讨论了短期内数据存储的选择,但也触及了在当前产生的测序数据数量不断扩大的环境下存储数据的长期可行性。正如你将看到的,每个人都有轻微不同的意见,对利害攸关的问题,但一些共识已经出现。在短期内欧洲核苷酸存档日本DNA数据库将继续接受国际提交的短读数据。从长远来看,人们似乎一致认为,继续无限期地存储数据是不可行的,另一种建议是,如果数据再次被需要,应该存储DNA样本并重新测序。

虽然下一代测序技术的出现已经彻底改变了基因组学领域,但SRA的关闭凸显了与这项技术相关的下游问题。如果科学界想继续受益于正在产生的大量测序数据,就必须尽快解决这些数据归档问题。

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