在大多数基因组测序应用中,在给定的基因座中,最多有两个变体,以相等的比例存在(即二倍体个体中的两个等位基因)。在这种情况下,下一代测序技术的高错误率并不是一个大问题,因为任何错误的频率都可能远低于真正变体的读取,因此易于过滤。但是,在某些情况下,样品中有低频存在变体。例子包括测序肿瘤,该肿瘤是所有基因组可能与创始人细胞不同的细胞的集合;线粒体基因组的测序,因为每个细胞都包含许多线粒体,并非所有细胞都具有相同的基因组。或测序来自个体人群的合并基因组,以检测稀有变异。在每种情况下,可能会以类似于测序误差频率的频率存在真实序列变体。在刚刚发表的一篇文章基因组生物学,Mingkun Li和Mark Stoneking提出了一种统计分析检测到的变体的方法,以将真实变体与测序误差区分开。除了是一种非常有用的方法外,该出版物值得注意,因为所描述的工作赢得了海报奖去年超越基因组会议,由基因组生物学和基因组医学去年在华盛顿特区。我们希望今年的会议,9月在波士顿,将导致同样的高质量提交。
安德鲁·科斯格罗夫(Andrew Cosgrove)
安德鲁(Andrew)于2005年从邓迪大学(University of Dundee)获得了分子生物学博士学位。在谢菲尔德大学(University of Sheffield)的博士研究职位后,他于2009年加入了基因组生物学。
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