大数据和更大的削减——合作的方法

Eagle基因组公司保持了他们的3理查德·道金斯年度研讨会在剑桥2013年3月,以大数据和生物信息学领域的削减为共同主题,举办了各种各样的讲座。其间会穿插一些非常有用的社交谈话。

在这样的会议上见到我们的作者总是一种喜悦,我很高兴见到了第一作者甜菜一年前发表在BMC基因组学.她(和其他植物界人士)的出席,标志着与2011年和2012年举行的前两次会议相比,植物基因组学得到了更多的重视。

会谈内容包括使用下一代方法在博物馆环境中识别古老和古老的样本,竞争前联盟和绿色计算软件的开发。完整的议程是可用的在这里

主讲人是约翰·怀斯皮斯托亚联盟(一个旨在降低创新障碍的竞争前生命科学团体联盟)——其主题是“开放式创新确实有效,皮斯托亚联盟(Pistoia Alliance)指明了方向他成功地将伊桑巴德·金德姆·布鲁内尔、物理学等内容纳入了他发人深省的演讲中。他的部分论点是,物理学和制药行业的区别在于,物理学领域的管理层很早就意识到对计算机的基本需求。

另一个关于竞争前联盟的演讲是由我们的第一位演讲者詹森描述eTRIKS(欧洲翻译信息和知识管理服务)项目,由欧盟框架项目和一批制药公司(efpia-欧洲制药工业和协会联合会)。这一倡议很好地响应了资源共享和合作的需求,以在这一昂贵的基因组学领域通过大数据和更大的削减取得进展。该工具基于tranSMART项目平台,该平台的下一轮开发正在协调tranSMART基金会与eTRIKS和其他人合作实现“……一个基于全球信息的分析和竞争前的临床和转化研究数据共享平台”。

罗格尔·沃斯来自自然生物多样性中心荷兰描述了自然历史博物馆,那里储存着原型物种。他提到了最近对“老番茄”的基因组学分析,这在一定程度上是对现在番茄比以前不那么甜这一观点的回应。他们正在调查这是否可能是真的。科学关于番茄成熟的文章),通过检查品种如此古老,他们是工业化前。目前他们有150个基因组的数据。

作者S.mini(自己的作品),通过维基共享

他描述了与古代DNA相关的一些额外的复杂性,比如它们的碎片性和a或g后发生断裂的可能性,脱氨基作用也开始出现取代;它们不是单核苷酸多态性(SNPs)。

唯一一位来自大学环境的演讲者是凯蒂·沃尔斯特尔夫特,她描述了SEEK平台,它支撑着SysMO-DB项目旨在发现、分享和交换系统生物学中的数据、模型和过程。“这是一个基于网络的平台,可以首先在大型财团中使用,然后再分发。它是一个符合标准的企业。

所有的演讲者都在大数据和更大的削减这一主题上提出了一些新的观点,但没有人比施基业(Jiye Shi, UCB)更有新意,他为我们提供了一个由药物支持的项目,以提供绿色计算。他所描述的软件是为了在移动设备上使用空闲周期而开发的,而移动设备现在几乎和台式电脑一样强大。

作者HLundgaard(自己的作品),via Wikimedia Commons

该项目的下一阶段是在大学生的移动设备上测试可下载的应用程序,以确定任何性能或发热问题。

这是一个充满信息的日子,表明大数据和更大削减的联合挑战可以带来积极的结果,正如研讨会中所描述的协作、互动和共享的程度。BMC生物信息学BMC基因组学正热切地等待着第四届研讨会的召开。

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