在1001个基因组中定位差异——多个基因组比一个好


对一个物种的多个个体进行测序可以让研究人员提出关键的生物学问题,例如,该物种的多样性和种群遗传学。这些问题的答案依赖于个体基因组间多态性的精确定位。

1000年人类基因组1001年拟南芥基因组项目正在利用快速且越来越便宜的下一代测序技术来实现这一目标。在相对较短的时间内,可以读取数以百万计的序列数据,一旦这些信息被拼凑在一起,就可以比较单一物种个体的多个基因组。

这些雄心勃勃的测序项目的出现需要分析这些数据所需的软件的同步进步。现有的用于校准下一代测序技术中短读序列数据的软件以前都依赖于将新序列对准单个参考基因组。

基因组生物学这个月,Detlef Weigel,分子生物学系主任马克斯·普朗克发育生物学研究所在Tübingen,和同事介绍GenomeMapper,一种新的开源软件,可以将短读序列数据同时组装到多个参考基因组上;他们通过将该工具应用于拟南芥1001基因组项目的新序列数据,证明了该工具的威力。“基因组绘制器”极大地提高了我们比较基因组的能力,现在可以在以前无法想象的规模上检测大量个体之间的多态性。

你可以阅读来自Detlef Weigel和他的同事关于基因组生物学网站和genome - emapper软件都可以免费下载在这里

你也可以从他们的网站上找到更多关于拟南芥1001基因组项目的信息https://1001genomes.org/index.html读一个观点文章重点介绍这项计划的计划,已于2009年5月号发表基因组生物学

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