在成立10周年,Ensembl发布了与BMC系列的主题系列

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最近15年发生了基因组爆炸
研究和测序基因组。随着对更大的弦核测序的积累
基因组非常清楚,手动注释了十亿个基准对
产生的序列不实用,自动化注释系统是
e
必需的。几个大型组织帮助解决了这个问题,但是
Ensembl项目,合资企业
欧洲生物信息学研究所惠康信托基金会,,,,
特别是在脊椎动物上提供了高质量的集成注释
一致和开源基础架构内的基因组。今年标志着
10ThEnsembl项目发布的周年纪念
中央今天正在发布主题系列描述的文章
Ensembl资源的构建,内容和当前使用。

今天发表的前六篇文章BMC生物信息学BMC
基因组学
,,,,
由保罗·弗里斯克(Paul Flicek)在Ensembl和欧洲的协调
生物信息学研究所详细揭示了多少比较
已经构建了基因组学,变异和法规数据资源。这
第一篇文章描述
可用于制表和可视化的综合基于网络的功能
基因组变体
。一个第二
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讨论支持数据库和软件库支持
将变体数据集成到现有的Ensembl资源中

能够跟上
报告的基因组数量增加(51在里面最后一个版本),
Ensembl必须使用自动化工作流程系统。杰西卡·塞弗林(Jessica Severin)及其同事当下一个人工智能管道
“ EHIVE”,基于类似于行为的自组织工作流程系统
蜜蜂,为其比较基因组学资源提供更新。BenoîtBallester及其同事证明如何
Ensembl微阵列注释协议处理了最新的发布
商业阵列。与两者保持同步
用户的需求不断增加,现在可以从
网站,安妮·帕克及其同事显示如何他们使用
缓存和优化技术以及Web 2.0改进的技术
Ensembl网站的性能。

一个最后一篇文章由Giulietta Spudich和Xosé
Fernández-Suárez使用了几个例子来提供
使用Ensembl了解区域中基因组注释的实用指南
出于兴趣。

虽然大多数详细的“背后
场景”信息不会显着改变用户访问基因组数据的方式,
指导分子生物学家可以使用各种可用的工具。它
对于建立其他生物信息学的研究人员来说,也将非常有价值
申请,并演示如何emembl一直在适应和更新
他们的工具可以为未来十年做准备。

斯科特·埃德蒙兹(Scott Edmunds)

高级科学编辑BMC系列
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