周围质粒子BAC探针集 - 关于考虑基因不敏感区域的想法

山姆·罗斯

由艾哈迈德·B·哈米德（Ahmed B Hamid）撰写，托马斯·列尔（Thomas Liehr）*

评论：旨在改善上非非洲标志物染色体的诊断和表型预测的周围质粒细胞克隆集的设计和验证；Castronovo等，分子细胞遗传学2013，6：45

Castronovo等。（1）提出了一个出色的探针集，用于表征所有人类染色体的中心粒区域。该探针集是一个重要的工具，尤其是用于表征小型超级标记染色体（SSMC），以及（1）中的概述。提出的探针集是ACGH表征SSMC的一种非常好的补充，具有神秘的镶嵌性（2）。同样，如果SSMC以低的镶嵌速率存在，以至于它们可能不会以ACGH为特征（3）此探针集可能有帮助；此外，它也可用于具有共感性的较大衍生染色体（包括平衡的重排），如使用可比的探针集（4）所做的那样。

尽管如此，对于SSMC，我们建议，应根据以下概述的思想生成临床上相关的周围探针集。众所周知，由SSMC诱导的正式失衡可能会引起临床问题，但并非总是如此。因此，假设在相关区域包含剂量敏感基因（5）的情况下，只有在丝粒内的失衡才会导致临床问题（5）。对于大多数上十大区域，显然不含这种剂量敏感基因和含有此类基因的剂量的区域（6-7）。这些知识应包括在SSMC特异性的周围探针集中。

我们建立了这样的探针集（未发表的数据），并表明它适合区分SSMC导致临床问题。例如，对于1p染色体的上十大区域，众所周知，没有剂量敏感基因的区域包括在121.1 MB（NCBI 36.3/hg18）开始的115.8 MB至中心粒之间的伸展。对于染色体1的长臂而言，该区域尚未定义。还表明，SSMC诱导的整体区域115.3-121.1 MB染色体1导致临床问题。因此，我们选择了跨越区域114.4-118.5 MB的5个BAC探针，另外5个BAC从Cytoband 1q12-Q21.1开始，跨越143.6至148.0 MB。现在，对于所有人类染色体的上述区域，现在也可以使用类似的探针组。

Castronovo本文中使用的BAC以及我们的探针组的结合可能是现在和将来以临床相关的方式表征SSMC的最佳方法。

References:

  1. 卡斯特罗诺沃C，瓦尔托塔E，克里帕M，泰德尔迪S，罗米蒂L，艾米奥·MC，格尔纳里S，鲁斯科尼D，巴拉拉蒂L，米兰尼D，格罗索E，卡瓦利P，贾尔迪诺D，贾尔迪诺D，邦纳蒂·MT，bonati MT，Larizza L，Larizza L，Finelli P：Design＆Design＆Design＆Design＆Design＆Design＆Design＆Design＆Design＆Design＆Design＆Design＆Design＆Design＆Design＆Design＆Design＆Design旨在改善上非核心标记染色体的诊断和表型预测的周围质粒子BAC克隆套件的验证。Mol Cytogenet 2013，6：45。
  2. Hamid AB, Kreskowski K, Weise A, Kosayakova N, Mrasek K, Voigt M, Santos Guilherme R, Wagner R, Hardekopf D, Pekova S, Karamysheva T, Liehr T, Klein E: How tonarrow down chromosomal breakpoints in small and large derivative chromosomes – a new probe set. J Appl Genetics 2012, 53:259–269.
  3. Liehr T，Klein E，Mrasek K，Kosyakova N，Guilherme RS，Aust N，Venner C，Weise A，Hamid AB：体细胞镶嵌的临床影响，在具有小的超级标记染色体的情况下。Cytogenet Genome Res 2013，139：158–163。
  4. Weise A, Rittinger O, Starke H, Ziegler M, Claussen U, Liehr T: De novo 9-break-event in one chromosome 21 combined with a microdeletion in 21q22.11 in a mentally retarded boy with short stature. Cytogenet Genome Res 2003, 103:14–16.
  5. Hamid A, Weise A, Voigt M, Bucksch M, Kosyakova N, Liehr T, Klein E: Clinical impact of proximal autosomal imbalances. Balkan J Med Genet 2012, 15:15–22.
  6. Liehr T:良性和病理染色体Imbalances, Microscopic and Submicroscopic Copy Number Variations (CNVs) in Genetics and Counseling. 1st Edition. 2014. Academic Press.
  7. Liehr T: Small supernumerary marker chromosomes. https://www.fish.uniklinikum-jena.de/sSMC.html (accessed 11/25/2013).

致谢：DAAD在部分支持的部分。

*德国人类遗传学研究所弗里德里希·席勒大学（Jena University Hospital）。信件：thomas.liehr@med-uni.de

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