地球微生物组项目的更新

1

BMC生物学标志性图像什么时候BMC生物学推出了它的标志性图像我们承认了在整个微生物王国的单一的微生物王国被用单一的斑点表示选择的脊椎动物Phyla的极端艺术许可。这并不旨在在我们的部分中致力于微生物世界缺乏兴趣,并更新我们的读者,以探索其分类学的多样性和在生物圈中的作用,我们邀请了地球微生物组项目的煽动者(EMP)。,于2010年推出,目的是对星球的微生物多样性进行抽样,向我们提供进度报告。

在他们的简短评论文章中,关于EMP,Jack Gilbert,Janet Jansson和Rob Knight提供的成就和愿望一个积极的信息关于人群采购作为这种规模项目的方法和达到的方法。截至7月份,他们从各种生态系统(包括人类微生物组)处理了30,000个样本,所有这些样本都由合作者从独立的研究项目收集,他们愿意在分析后立即提供无限制的访问。

emp.

到目前为止,研究的重点一直是16S rRNA序列分析,开发一个开源分析平台的相当大的挑战是,不仅提供每个样本的系统发育结构信息,链接到收集它的环境数据,它还结合了来自所有样本的数据,生成了一个操作分类单元的主表,描述了每种环境中每种类型生物的丰度。

这使得对环境参数和微生物群落结构的相关性分析,结果是塑造应该解决哪些问题以及旨在选择要加工的接下来的20,000个样品的生物群体。200,000个样本的原始最终目标仍然存在,因此也可以进行偏见分析和代谢建模的计划。然而,目前已经限于几种样本集,然而,目前关于EMP的这一方面的努力正在开发分析管道,以完全进入项目中的这些数据。

最近的读者比尔哈内评论自然可能会询问从16s rRNA数据和过度划分微生物瘤之间变异的重要性是否存在解释过多的危险。但虽然没有羞于EMP的野心和所追求的令人瞩目的能量,但吉尔伯特,詹森和骑士并没有声称拯救世界。

他们明确表示,该项目正在积累并非本身的相关数据证明的因果关系,并且其价值在很大程度上在于协调其集合,并在开放的分析平台上提供它们。当然,希望的原因和效果的可测试假设(特别是随着更多的偏见和代谢数据),并且可以通过操纵微生物群来治愈一些患病(人和环境)。

其中一些提示是在制品中简要讨论的所选项目中给出的,例如识别如何损失微生物多样性和碳循环变化的含量与美国大草原中的农业用地配合联系在一起。但项目直接解决的问题是主要需要了解不同环境中微生物社区的遗传和功能多样性的更多信息。虽然16S rRNA文学(作为Hanage指出)多样性的粗略指标,但它们是一个起点,并且已经大大扩大了我们对微生物多样性的了解。从前10,000个样品中鉴定了六百万个属或物种水平分类群,其中可以将小部分映射到以前已知的16S rRNA文献中。

我们的微生物的扭曲不足BMC生物学图标变得越来越过分,我们必须再次恳求艺术许可,希望继续避免乔纳森艾森奖为了我们扭曲的树。

在生物学网站上浏览最新的文章金博宝188

评论

评论被关闭。