在希腊神话中,阿尔戈英雄是跟随伊阿宋寻找金羊毛的一群英雄。金羊毛是一种服装,它的起源可能是用羊毛作为筛子,从流动的水中收集黄金。
在一个发表于BMC生物学Anindya Dutta和我的同事们Argonaute(原文如此)生物学本身隐藏的黄金数据集:以前被忽视的tRNA分子片段,即tRFs。
这里有七个很棒的事情你需要了解扶轮基金:
1)tRNA分子通常被细胞降解成tRNA的一半和更小的片段(扶轮基金会),可以从每个tRNA的5'和3'端创建。一些研究认为,这些降解产物不仅是废物,而且有自己的生物功能。
2)阿尔戈瑙蛋白结合microRNA (miRNA)分子作为基因沉默过程的一部分。研究这些相互作用的技术包括剪辑和冲突.
Anindya Dutta和他的同事们请注意,隐藏在CLIP和CLASH数据集中的大量证据表明,trf也绑定到Argonautes-由于对mirna的关注,这一事实经常被忽视。
3)miRNAs和trf有许多相似之处.两者都是小rna。与miRNAs一样,trf(当与Argonautes结合时)似乎下调,或沉默',mrna含有互补序列。
它们与Argonautes和靶mrna形成类似的复合物,甚至使用相同的“种子”规则来选择靶结合位点。它们在细胞中以相似的丰度存在。
考虑到miRNA和trf之间的相似性是如此惊人,在至少一个案例中,miRNA在文献中被报道也就不足为奇了结果是一个基金会.
4)但trf与mirna不一样.一个明显的区别是,tRFs是由pol iii转录的trna产生的,而mirna是pol ii转录的pre-miRNA分子的产物。miRNA的产生需要DROSHA和DICER1酶,但是tRF的生成是DROSHA和dicer1无关的.
5) tRFs和miRNAs的另一个区别是它们结合的Argonaute蛋白的身份。在大多数情况下,miRNAs与Argonaute 2形成复合物,而与Argonaute 1、3或4不形成复合物。对于tRFs, Argonaute的偏好相反,Argonaute 1、3和4更受青睐,而《阿尔戈瑙特2》则避之唯恐远。
6)也许最奇怪的区别是,不同于后生动物和植物特有的miRNAs,扶轮基金会是无处不在的.
你可以在任何地方找到他们细菌,人,浮游生物(一个BMC基因组学纸最近在硅藻中发现了trfPhaeodactylum tricornutum),植物(如图所示生物学直接纸).
tRFs提供了一种解释,解释为什么细菌虽然没有miRNA途径,却有Argonaute蛋白。杰森和阿尔戈是一个古老的传说,我们可以从它们的普遍存在推断,trf也非常古老-最有可能是一个祖先的基因沉默机制存在于最后的共同祖先.
7) Dutta和他的同事建造了一个数据库(也许他们使用JSON?)的Argonaute-interacting扶轮基金会他们希望这能让其他好奇的生物学家开始他们自己的探索之旅。
但是,等等,还有更多!
trna的分解趋势并不会随着trf而停止。如上所述,它们可以分解成更大的部分,称为tRNA半这些基因也被证明在基因表达中发挥调节作用。
小tRFs通过与Argonautes的相互作用靶向mrna沉默,而tRNA的一半使用完全不同的机制。它们利用模仿全长trna的能力,在核糖体中寻找trna结合位点。这些位点的占据会阻碍mRNA的翻译,从而下调蛋白质的表达。
即使在转录成RNA之前,tRNAs也会分解。也就是说,tRNA基因有时会分裂.许多生物,大部分但不完全是古细菌物种,有将它们基因组中的一些tRNA基因一分为二.在其他情况下,它们不是分裂的,而是排列的。
在tRFs, tRNA一半和片段tRNA基因之间,tRNA似乎不喜欢完整。
在希腊神话中,阿尔戈英雄是跟随伊阿宋寻找金羊毛的一群英雄。金羊毛是一种服装,它的起源可能是用羊毛作为筛子从流动的水中收集黄金。[...]
自从人类基因组的第一份草图发布以来,我们对蛋白质编码区域之外的难以置信的复杂性的理解有了相当大的增长。特别值得注意的是非编码rna家族的增长。在BMC生物学最近的一项研究中,来自美国弗吉尼亚大学医学院的Anindya Dutta和他的同事探索了这个家族的一个最新成员,tRNA衍生的RNA片段(tRFs)。对于它们的生物发生和功能仍有很多争论,这促使Dutta和同事对tRFs的公开数据进行了荟萃分析。通过他们的分析,发现这些片段比它们更知名的同辈microrna在进化上更保守,而且还发现,它们像microrna一样,能够结合Argonaute蛋白,形成参与基因沉默的复合物。在这里Dutta解释了他们的一些更令人惊讶的结果,推测了扶轮基金会的功能,并讨论了接下来在扶轮基金会的故事。关于是什么使trf成为如此有趣的一类非编码rna,可以在生物医学中心的博客中找到更多。[...]
[…]tRFs和Argonautes:远古的基因沉默-生物医学中心博客。[...]