cyclin的发现:未知与不可知

偶然在海胆卵中发现cyclin的故事表明,为什么报道标准和最佳编辑实践可能需要尊重生物学的任性特性。

我们刚刚发表了一篇采访随着蒂姆·亨特被记录下来,作为一个温和的提醒,生物科学还有比报告清单所能捕捉到的更多的东西,现在随着对研究更严格要求的不断增加,清单迅速增加。

如果有人想知道的话,这次采访是在5月份录制的,与那些被大肆宣传的消息毫无关系六月的事件及其后遗症. 当时我们正在计划自己的报告清单——更多信息可在我们的编辑和我们的随行博客–并在反思考虑生物学任性特征的必要性。

在具有明确实际意义的临床前研究中,有一个无可挑剔的案例来强加方法论和统计的严谨性。但是,在研究是探索性的,试验台与床边的距离是非常安全的,系统或生物体可能不适应足够的取样或当前已建立的方法的情况下,更大的纬度是允许的,甚至是必要的。

重大的发现经常被作为实物教训,说明过于墨守成规、挑剔或教条主义的危险。

重大的发现经常被作为实物教训,说明过于墨守成规、挑剔或教条主义的危险。蒂姆·亨特(Tim Hunt)对cyclin的发现是一个不错的例子,说明了基本见解是如何在一条模糊道路上的半随机漫游最终出现的。

当然,当时的世界并不清楚这是一个重大突破,但他相当有信心报道它的报纸不会刊登在1983年发表的著名杂志上。

现象学与胡乱猜测

当时,对细胞周期的调控一无所知(亨特也没有对此进行研究)。唯一的线索是一种称为MPF的活性(sic),被认为是一种蛋白质,它诱导青蛙卵母细胞完成减数分裂——一种相当特殊的细胞周期转变。

亨特和他的同事们所拥有的只是一种未知的蛋白质,当海胆卵受精时,这种蛋白质会周期性地出现和消失。当时他们没有寻找细胞周期调节器,他们甚至没有使用最新的2D方法来运行他们的凝胶(幸运的是,事实证明,由于不清楚的原因,很难在2D凝胶上看到细胞周期蛋白)。

在对论文的讨论中,人们的猜测显然是错误的:作者显然确信他们有一些重要的东西,但同样显然不知道发生了什么。他们认为这一定与强积金有关(事实的确如此),但他们并没有说他们认为这可能就是强积金(事实并非如此)。

事实上,他们不可能知道发生了什么。一种蛋白质随着每一个分裂周期出现和消失的现象并不符合当时已知的蛋白质行为方式。细胞周期中细胞周期素的逐渐积累也完全不符合细胞进入有丝分裂时实际发生的突变。

事后诸葛亮…

我们现在知道,细胞周期蛋白是一种持续合成和周期性降解的调节蛋白,它结合并激活现在称为Cdk的中央细胞周期调节因子——细胞周期蛋白依赖性激酶——当时仅称为活性MPF。激活的Cdk使下游靶点磷酸化,这些靶点执行细胞周期中的步骤,包括在破坏途径上启动细胞周期蛋白,关闭激酶。

当细胞周期蛋白重新积累时,突然重新进入周期是由于调控磷酸化,这是在发现细胞周期蛋白之后才出现的,当强积金/Cdk被表征时,在酵母遗传学的帮助下。

这是故事的大纲。集中在中央Cdk细胞周期蛋白对上的整个控制系统是如此复杂,以至于它仍然没有被完全理解,一个有趣的关于其细节逐渐理解的解释可以在约翰·泰森和贝拉·诺瓦克的最新文章解释用正式建模来捕获其逻辑的尝试。

在地球上,没有任何一种方法,在cyclin被发现的时候,任何人能够预测调节系统,通过这个系统,细胞分裂被微调和约束。

令人清醒的是,据亨特说,他的论文花了五年时间才被认识到其重要性,而在这些年里,几乎没有被引用。

与此同时,值得注意的是,根据亨特的说法,他花了五年的时间才认识到他的论文的重要性,而在那五年里,它几乎没有被引用过。所以它不会对它发表的期刊的影响因素有多大作用。

报告标准、严谨性和知识边界

这与报告标准和严格性有什么关系?不多原始cyclin论文中的实际数据没有争议——尽管如果要求作者重复或——更有可能——扩展这些数据以确定其重要性或机制,就像他们在当今气候中可能会做的那样,他们会被卡住。再过一年他们就可以再次收获海胆卵了。

如果他们被要求使用现有的2D凝胶技术来证实他们的发现,他们可能会遇到麻烦。

可以说,它确实表明了那些突破已知界限的论文可能会违反目前知名期刊普遍采用的标准。

罗恩淡水河谷最近推测,在这种情况下今天的编辑们可能会如何回应詹姆斯·沃森和弗朗西斯·克里克1953年发表的关于DNA结构的论文。

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