关于植物方法十年的思考

本月我们庆祝了自推出以来的整个十年工厂方法,第一个全面开放的访问期刊专注于植物科学的技术创新。因此,它似乎是一个适当的时刻,反思我们在10年里进入了多远,并试图传达日志特征的内容的多样性的味道。

为什么工厂方法

在录音期刊上,迈克罗伯茨(副编辑)和我在一个人中表达了希望社论为方法学论文创造一个新的出路将“刺激植物生物学的新技术和改进技术和研究工具的发展”。我们还觉得不够识别被研究人员,尤其是年轻的研究人员,几个月,甚至几年的他们可能花了开发和提炼有价值的新技术或研究工具,给他们留下足够的时间收获生物见解,传统的研究论文的需求。

如果我们可以建立工厂方法作为一份高调的杂志,那么辛勤的工作和创造力就会受到鼓励,并有可能通过发表一篇引人注目的、有希望有声望的第一作者论文得到回报。十年后,《华尔街日报》的汤姆森ISI影响因子为3.10,200年排名第38标题在植物科学类别(和79年23日生化研究方法),我们发现一个令人满意的高比例的提交确实是来自早期的职业人员。

有一句老人说每个人都有一本书,虽然这似乎过于乐观,但我认为每个科学家(或至少每个实验室)都至少有一种方法论文。

最高度引用和高度访问的论文

自2005年以来,我们发表了超过360篇论文,我们继续受到我们收到的稿件所涵盖的科目的多样性印象深刻的印象。虽然我们觉得需要强加严格的标准在我们发送给同行审查的论文中,这仍然为涵盖众多主题留下了足够的空间。

当我们可以发布远远超出植物科学的范围的文件时,它特别令人满意。这是一个邀请的一个伟大的例子Ann Osterrieder评论据发表于2013年,这介绍了社交媒体可以用作科学沟通的强大新工具的方式。自2013年出版以来,本文已获得超过37,000次。

回顾过去10年,最高访问论文也一般是最受欢迎的(基于科学数据的网络)。虽然我们最受欢迎和最有影响力的论文的主题是多样的,但它们的大量比例涉及增强植物转化过程的技术及其在功能基因组学的应用。其中,最引用的是Roger Hellens和同事2005年的论文描述了一组新的植物瞬时表达质粒载体。为使用模型物种而开发的方法拟南芥在我们十大引用的论文中强烈致力于,但该列表还包括文章玉米染色质免疫沉淀的优化和上基于PCR的平台,用于同时研究2500米转录因子的表达。

但是,“最高度引用”的骄傲头衔工厂方法到2007年的“议定书”文件Varkonyi-Gasicet al。描述用于检测和量化微润荷的高灵敏度方法。这已收到(截至2015年8月)令人印象深刻的246个引文,其中包括从植物王国以外的物种的研究中获得了非常重要的数量。

以pcr为基础的检测和定量microrna方法的说明
以pcr为基础的检测和定量microrna方法的说明
Varkonyi-Gasic et al。植物方法2007 3:12

作为一个脚注,令人感兴趣的是,一份议定书文件竟然会产生如此强烈和深远的影响。本文介绍的是已经建立了一种技术(因此创新水平较低),但我们希望读者对如何执行该技术的详细一步一步的指南有很大兴趣的情况。

专题系列

几年前,我们提出了一个关于当前“热门话题”的年度专题系列的想法植物研究的下一代测序其中包括阿图尔·科特(Artur Korte)和阿什利·法洛(Ashley Farlow)发表的一篇已被高度引用的邀请评论分析了GWAS性状分析的优缺点(基因组宽协会研究)。这是2014/15举行的一组25篇论文植物表型和表型组学(其中五个被邀请审查)和第三个主题系列植物基因组编辑刚刚宣布。每一份专题系列都与同一时间举行的一次会议有关,新的专题系列与《联合国气候变化框架公约》有关GARNet-OpenPlant CRISPR-Cas车间在2015年9月7日至8日在Jic Norwich举行。

图像和视频

用于表面建模的分割数据
用于表面建模的分割数据
Muller-Linow et al。植物方法2015 11:11

我们在过去10年中发表的一些最有趣的图像来自植物表型世界,其中许多形式的图像捕获是过程的关键部分。这有一些精细的例子可以在a中看到Müller-Linow和同事最近的纸张描述一种用于分析在字段中捕获的立体图像的叶角的新软件包。作者在分析中大量使用虚假颜色,结果表明,他们的论文包含了许多醒目和美学上令人愉悦的图像,其中一个显示在这里。

图片胜过千言万语的事实更适用于电影,所以我们鼓励作者用短视频来说明他们的技术。西蒙·康恩和他的合著者提供了一个很好的教学视频的例子描述了一种新方法,用于生长拟南芥水疏入。

另一个视频价值的例子可以在最近的一篇论文中找到凯瑟琳·格林汉姆和同事们谁附上了一系列短片,精美地说明了他们的软件在植物中跟踪叶片运动的日常节奏。

最后

有一句老人说每个人都有一本书,虽然这似乎过于乐观,但我认为每个科学家(或至少每个实验室)都至少有一种方法论文。所以,如果你以前从未考虑过编写方法文件,为什么现在不考虑它?

新技术是任何科学纪律的进展的重要催化剂 - 科学文学中许多最备受引用的论文都没有巧合是方法论文。工厂方法欢迎预提交的查询,所以如果你有一个想法的论文或评论,与编辑联系在plantmethods@lancaster.ac.uk讨论其适用性。

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