橄榄树的基因组

作为一个土着地中海,我必须承认我是橄榄油瘾君子。在家里,我们在大量的情况下获得这种金色和美味的液体,因为我们几乎每一盏菜都在使用它。幸运的是我承认的成瘾是无需担心的。

相反,橄榄油中丰富的单不饱和脂肪酸被许多饮食研究所称赞。在众多不同的橄榄油品种中,保密是我的最爱之一。我喜欢它浓烈的味道,特别是当它是特级初榨、未过滤和冷榨的时候,来自许多小生产者中的任何一个,他们仍然用足够的时间和精力处理他们的树木和产品。

橄榄树的历史

橄榄树本身可以构成活的纪念碑。这些树的树龄往往超过一千年,它们的美丽不在于它们的大小,而在于它们的树干形状的反复无常,这是在恶劣气候下缓慢生长的证明。

地中海橄榄树是最早驯化的作物之一,最早的栽培证据来自青铜时代早期。从黎凡特最早的驯化中心开始,种植橄榄树的艺术就被不同的文明传播到地中海盆地。

尽管有很多研究,但仍有许多关于橄榄树驯化的历史的开放问题,我们对不同品种的所选性状的遗传决定簇知之甚少。

如今,每年生产大约300万吨橄榄油,并且有许多不同的橄榄品种,每个橄榄品种具有特定的风味和质地。由于增长缓慢和达到全部生产所需的数量,它跨越了如何突触驯化过程和新树状性状和橄榄品种的选择。

尽管有很多研究,但仍有许多关于橄榄树驯化的历史的开放问题,我们对不同品种的所选性状的遗传决定簇知之甚少。

第一个橄榄树基因组

由于缺乏这一重要作物的参考基因组,我们在知识方面的进一步进展部分受阻。地中海橄榄树基因组的第一次组装及其注释发表于我们的文章GigaScience.

这篇文章的重点是描述一个基因组的组装和注释,该基因组是从一棵1300年前的树上从法尔加种类。正在进行几种额外的分析,并将形成连续出版物的一部分。

这一出版策略加速了参考基因组向科学界的发布,没有任何限制,并让我们将后续文章的重点放在生物学相关的特定问题上。我们的组装方法使用fosmid池和全基因组散弹枪的短读序列组合,这使我们能够达到数据完整性高。

虽然不是在我们最初的计划中,但“污染”基因物质的重要痕迹的发现使我们能够部分组装新品种真菌的基因组普鲁兰气基菌,已知与橄榄树有关。至于对橄榄树基因组的首次分析,最相关的发现是与其他植物(包括黄猴花)相比,基因库扩大了(erythranthe guttata.),属于与橄榄树(Lamiales)相同的分类令。

橄榄树和野花之间基因数量大约2至1的比例,以及它们的相似性模式,提出了最近导致橄榄树的血统的大规模基因扩张

当同一基因组区域的明显等位质最终以不同的折叠时,膨胀的基因计数也可以从二倍体生物中的组装问题出现。通过确认橄榄树中最近的重复基因没有明显较低的杂合子水平,我们丢弃了该因素,如果由所述组装伪像导致,则可以预期的杂合子水平。

橄榄树和野花之间的基因数量比例大约为2:1,以及它们的相似性模式,表明最近在导致橄榄树的谱系中出现了大规模的基因扩增。全基因组复制在植物进化史上很常见,包括分析最多的作物。确定橄榄树基因组何时以及如何扩展其基因库是我们项目当前重点的一大部分。

促进研究

该物种参考基因组组装的可用性将推动橄榄树的研究。基因组重新测序,这比从头通过比较野生亲缘植物的几个亚种与不同品种的起源、研究遗传组成和揭示强选择区域,测序将有助于我们阐明橄榄树的过去(从早期驯化史开始)。

对不同品种和野生亲属之间的遗传多样性的分析也将有助于我们了解如何确定不同的性状,因为表型差异的潜在分子碱,包括味道,大小和油含量,仍然很差。

基因组研究,如基因表达分析和基因标记的开发,必将从这一资源中受益,并将促进对橄榄树生理及其与病原体和其他相关生物相互作用的理解。最终,这一知识将为改善橄榄树的操作和加速旨在创造新品种的育种计划铺平道路。我已经垂涎欲滴了,我觉得需要一块涂有橄榄油和一点盐的脆面包。

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注释