探测DNA的性质

用DNA制作的歌曲不太可能登上排行榜榜首,但将DNA序列转换成音符可能会导致识别出突变,否则这些突变就会被忽略。一个最近出版的篇文章中BMC生物信息学研究了六种可以将DNA转换成音符的不同算法,并强调了声波化发现特定DNA属性的能力

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基因组学研究人员都太习惯于看到DNA序列表示为A、T、C和g的长列表,但有没有更好的方法来分析这些数据呢?的最近出版的本文由马克博士寺庙西悉尼大学的一项研究表明,将DNA表示为音符可以帮助我们识别停止和开始的密码子,甚至帮助我们发现那些原本很难发现的突变。

Sound在过去被用来帮助分析;甚至早在1948年,艾伦·图灵的计算机就使用不同的声音向用户显示软件的进展。随着可用基因组数据的增加,研究人员正在越来越多地寻找新的方法来分析和寻找独特的特征。用声音识别这些特征——就像图灵的机器用声音识别进程一样——可以提供一种处理这些大数据集的新方法。

DNA表征(Andy Leppard, Flickr CC)
DNA表征(Andy Leppard, Flickr CC)

坦普尔博士开发了六种不同的超声波算法,每一种算法都能解析DNA序列并将其转换成乐谱。有些算法将每个核苷酸作为一个单独的音符来处理,而另一些算法则使用二或三核苷酸组、蛋白质序列本身或密码子阅读框。由此产生的乐谱可以像任何传统音乐一样演奏。

听第八首歌

听-第十二首

这种方法特别有用,因为它可以通过打开或关闭音乐来突出启动和停止密码子,使DNA序列中的这些点非常清晰。这可能只是基于声音的DNA分析的开始。随着这一领域的进一步研究,可以开发出使用不同声音来表示诸如结合位点、限制性内切酶位点和单核苷酸多态性等特征的软件。今天的DNA序列浏览器可能会使用传统的分析工具,但也许我们很快就会看到类似的超声波算法。

因此,虽然我们可能不会看到基于DNA的歌曲登上iTunes的榜首,但DNA超声波化可能会为全球研究人员在DNA序列分析方面开辟新的途径。

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一个评论

阿什拉夫·m·艾哈迈德

DNA听起来不错,但有人能理解它想说什么吗?

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