速度的需求 - 理解下一代基因组序列数据

测序技术的下一代大大降低了
从七年开始对真核基因组进行测序需要的时间
原始的人类基因组在几个月,几周甚至几天的时间内。
处理由此产生的基因组数据需要类似的进步
在软件中。在本月发行基因组生物学,Ben Langmead及其同事介绍领结,与早期工具相比,开源序列组件软件可提供巨大的性能进步。

以前发表的用于组装人基因组的计算方法通常花费数周的时间将新的人类基因组序列与参考基因组相对。世界上最快的测序设施可以比这更快地生成数据,从而使组装过程成为瓶颈。Bowtie,可以产生一个组装
在几个小时内,人类基因组的14倍测序覆盖范围的序列是解决此问题的重大进步。

在他的Minireview强调了该软件的出版,保罗·弗里斯克(Paul Flicek)EBI讨论即将来临的“速度需求”邮政- 基因组时代,测序数据的生成生成将成为规范,研究人员和临床医生将期望在数小时而不是几天或几周内需要结果。Bowtie能够处理将下一代基因组序列数据与可管理且可用的时间框架中的参考基因组保持一致的任务。在基因组生物学,我们急切地预料到生物学理解的进步,即下一代测序技术与Bowtie等计算进步相结合时可以提供。

阅读全文来自Ben Langmead及其同事基因组生物学网站。Bowtie软件是开源的,可以是从SourceForge下载。

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注释