西格玛因子网络和细菌的多功能性

BMC生物学标志在细菌RNA聚合酶转录复合物中,西格马因子起着引导作用,指定该复合物在基因组中的何处结合,从而确定在任何时候哪些基因被打开。

实验室最喜欢的大肠杆菌有七个这样的σ因子,其中一个有一个“管家”的角色在标准条件下,与其他六个交换下的复杂的个人压力——也许最重要(至少从人类的角度来看)的作用这些替代σ因子被毒力基因的调控。

一个新的研究困扰Bernhard Palsson和他的同事在BMC生物学通过结合转录组分析、转录起始位点测序和不同sigma因子的染色质免疫沉淀,给出了这些因子的转录调控的全基因组视图。

这与传统的教科书模型完全不同,在传统模型中,每一种蛋白质都有单独的、清晰定义的功能。相反,有一个复杂的连接网络,各种sigma因子相互调节和自己,以及它们的目标启动子集合之间的广泛重叠;σ因子在绑定时相互竞争,在缺失时相互弥补。

假色大肠杆菌
不同颜色的大肠杆菌

对于那些一直关注细菌转录生物学的人来说,这并不是一个完全的惊喜:类似的个体结果之前已经在小规模的实验中被注意到。然而,这项研究基本上概括了几十年的工作在一套单一的高通量实验,代表了一个研究转录网络的强大工具。

作者提出了“全面重建整个转录调控网络”的可能性大肠杆菌,这是一个诱人的想法:能够预测扰乱一个特定基因的网络范围的影响,可以为这些变化如何影响整个有机体提供深入的见解。具有许多网络连接的基因可以成为乔安娜·马赛尔在《进化》一书中讨论的进化变化的“电容器”最近的一个问答BMC生物学Marc Kirschner在他的可发展的讨论,这些因素确实有很多联系。

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