真菌遗传学会议问答-真菌β-内酰胺生产者的转录组分析

真菌生物学和生物技术最近参加了加利福尼亚州第29次真菌遗传会议。虽然那里,我们邀请了三名年轻科学家们介绍了优秀的海报,参加一个问答。在这篇博客中,我们与Ruhr University Bochum的博士候选人谈到Dominik Terfehr,他们研究出版于BMC基因组学目的确定影响β-内酰胺类抗生素生物合成的因素Acremonium chrysogenum.青霉素

你能给我们一些关于你的项目的背景信息吗?为什么它是重要的?

发现抗生素已彻底改变了人类和兽医中细菌感染的治疗;世界主要的抗感染剂是β-内酰胺抗生素。

头孢菌素和青霉素衍生物在治疗细菌感染方面发挥了重要作用,并通过两种分类无关的真菌发酵在工业规模中产生Acremonium chrysogenum.青霉钙瘤。两者都是长期应变发展方案的受试者,以达到经济相关的抗生素滴度。

我们的目标是识别对两种生物体中β-ractam抗生素的生物合成产生影响的因素,以便制定进一步应变改善的策略。

这些程序导致了在工业菌株的基因组、转录组和蛋白质组水平上可见的改变。这些变化的分子细节尚不清楚,但可能为通过靶向基因工程提高生产菌株的抗生素滴度提供概念。我们的目标是识别对两种生物体中β-ractam抗生素的生物合成产生影响的因素,以便制定进一步应变改善的策略。

您能否简要描述您的研究和您的研究结果?

到目前为止未知,基因表达的等效变化是否导致来自两个真菌的生产菌株的升高。要解决这个问题,我们有进行了对比基因表达分析野生型和衍生生产菌株。

对于真菌来说,我们表明,各种基因的表达水平受到应变改善计划的影响。此外,我们观察到属于初级和次生代谢的基因的上调,特别是参与β-内酰胺生产前体供给的基因;相比之下,下调不是对β-内酰胺产量必需的基因。

下调基因的例子是那些参与应激反应或运输过程的基因,这些基因在工业发酵的受控条件下是不可或缺的。此外,我们还研究了来自两种生产菌株的缺失突变体,其中缺乏天鹅绒作为主要的全球转录调控因子。

与其相应的野生型和天鹅绒缺失菌株相比,工业菌株中的差异基因表达。A和B Venn-图显示如所示菌株的差异表达基因的交叉点。箭头标志着监管效应的方向。如所指示的交叉点内所有差分表达基因的C和D分层分析。蓝色和红色的强度说明了差异基因调控程度。

我们发现,在这两种微生物中,Velvet调控了近50%的次级代谢产物簇,最重要的是,35-57%的天鹅绒靶基因在这两种改良工业菌株中表现出差异表达。因此,我们比较转录组分析的主要发现是,在两个不相关的真菌β-内酰胺抗生素生产商中,菌株改良程序改变了Velvet靶基因的表达,这是一种次级代谢的全球调节剂。

从这些结果,我们得出结论,在菌株改良过程中,调控改变是提高β-内酰胺抗生素滴度的关键因素。

是什么让你开始研究真菌?在你的研究中你最喜欢的是什么?

我非常喜欢从事应用研究,因为我知道研究结果可能会对应用微生物学产生直接影响。

在Bochum大学的乌里希柯克博士博士博士的学士学位期间,我开始使用真菌β-内酰胺抗生素生产者。我总是被丝状真菌的监管网络着迷,以及他们如何在其新陈代谢内集成原产地的生物合成途径。此外,我真的很想在应用研究中工作,知道结果可能对应用的微生物学直接影响。

您想在未来几年内接受您的研究?

使用从中获得的数据集A. Chrysogenum.p . chrysogenum我们已经确定了高度有趣的目标基因,以进行进一步的分析,希望能够解决它们对β-内酰胺抗生素生物合成的影响,以获得对这一重要过程的更深刻的理解。

您将在研究中发出的年轻科学家会给哪些建议?

我在博士学位期间了解到了微生物学的许多新颖方面,现在知道生物学是对我的正确选择。我真的很喜欢应用和理论生物学的结合,也喜欢不断发现我博士论文的新东西的选择。因此,我鼓励每个人都对生物学感兴趣开始他们的学习。


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