细菌、垃圾和跳跃基因:最新一期的《基因组生物学》已经上线

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在上个月的特殊的问题基因组生物学11月都在研究表观基因组排毒。相反,我们一直在回答这样的问题:你的皮肤微生物是如何对伤口做出反应的?如果所有的基因组产生非编码rna真的不是垃圾,那么它们的作用是什么呢?CpG岛启动子如何与染色质状态相关?(我猜排毒是不完整的。)

John Rinn

如果垃圾DNA有一个很好的候选,那么内源性逆转录病毒(ERVs)一定是它。这些可移动的元素从基因组的一个片段跳到另一个片段,似乎只对它们自己的增殖感兴趣。他们只知道如何复制和粘贴自己,所以他们有什么用呢?但基因组生物学编辑委员会成员John Rinn,他曾经被《科技他认为ERVs实际上可能在推动基因组的有益变化方面发挥着重要作用。

里恩是一名lncRNA(长链非编码RNA)专家,询问erv是否可能在lncRNA进化中发挥作用它比编码蛋白质的rna发生得快得多。与博士后大卫·凯利(David Kelley,著有《基因组生物学广受欢迎的地震文章)中,Rinn发现,基因组中的lncRNA位点确实对erv富集,特别是在调节区域周围,这表明erv可能负责打开或关闭lncRNA转录本。详列于功能《经济学人》为了突出这项工作,一个特别有趣的观察是关于一种被称为HERVH的ERV,它被证明在lncrna的转录调节中发挥了重要作用,但特别在干细胞中。

电抗器,假设

这些都很有趣,但我们是否把问题向前推进了一步?erv可能在调节lncrna方面有用,但如果这些lncrna不编码蛋白质,它们的意义何在?即使是克里斯·梅森奇妙地修改了中心教条(见我们的epitranscriptomics观点文章)无法真正回答这个问题。虽然我们已经知道了单个lncrna的各种不同功能,但有一种理论希望为整个lncrna分配一个功能:这是一个有争议的、潜在的范式转换电抗器,假设.cerna是一种RNA转录本,它可以通过竞争有限的共享mirna池来交叉调节彼此的丰度,这种行为与RNA可能具有的任何蛋白质编码功能无关。已经发表了少数具体的例子,但尚不清楚cerna是一种普遍现象还是仅仅局限于少数转录本的古怪现象。

克里斯桥

安娜品牌克里斯桥(也是编委会成员)和同事们想知道ceRNA假说是否可以解释哺乳动物基因组中许多假基因的奇怪保留,而这些假基因实际上应该是垃圾。他们寻找证据这些假基因中,有一些从定义上说已经失去了蛋白质编码功能的基因,可能会保留它们作为非编码cerna的作用,导致它们在自然选择中被保留下来。

其他地区这个问题,本·雷纳显示了如何有CpG岛启动子和没有CpG岛启动子的基因之间转录相关组蛋白修饰的差异;一个调查监测浅表损伤后皮肤表层和深层的微生物群;和一个分析从2007年到1937年的肺炎球菌分离株追踪了PMEN1多药耐药菌株的出现。微生物的耐药性当然是进化的真正快车道,将lncrna和erv远远甩在后面。

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