低质量杀伤武器:未公园的寄生虫基因组中的小ORF

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标识在我们的基因组中,有一系列掩藏在平原视野中的基因。这些基因不包括在主要的基因组注释努力中,并且在文献中被广泛忽略,即使在某些情况下,他们已被保守为5.5亿年。

那么这些基因是如何隐藏起来的呢?对此有一个简短的回答。字面上是这样的:基因很短。

寻找基因的科学家和计算机算法期望他们的猎物采取数百个核苷酸的长序列的形式,并且只需忽视或丢弃不符合这一标准的候选者。

但他们也可能是不明智的,建议一些最近的报告,包括一篇文章BMC生物学这检查了这些短基因在真核寄生虫中的重要性锥虫属brucei

用于寄生派的量身定制的工具

寄生虫上的自适应压力非常特异于寄生症:传播,宿主定植和免疫系统逃避。寄生虫基因组在很大程度上反映了这一点,每阶段的生命周期精确调整以最大化寄生虫在其向量和主持人中的传播。

因此,在寄生虫的进化过程中,具有新功能、因此与已知基因的同源性最小的基因大量出现。沮丧的基因组科学家们盯着他们的寄生虫数据挠头,无法给这么多寄生虫指定一个功能60%的基因

虽然可能有人认为,我们无法将功能分配给基因是基因组学时的一般限制(阅读Michael Adams Arguing)就在这一点BMC生物学),寄生虫进化的猖獗创新为特别是未公立的基因组而产生 - 寄生医生Malcolm McConville最近强调的一点'打开问题'文章

t . brucei
t . brucei

在他们的BMC生物学学习,Christian Tschudi和同事探讨了短基因是否称为小型开放阅读框架或smorfs.以及它们编码的小蛋白质可能构成部分t . brucei“未明确和高度寄生虫特异性基因组。

确定了993 smorfs,其中绝大多数似乎没有与序列数据可用的任何其他物种共享,表明这些smorfs可能确实是新的武器t . brucei寄生阿森纳。

但smorfs做了什么?

smorf(来自magn等等。;点击全映像)

Smorfs的详细功能表征很少,距离。两个高度保守的smorfs是最近报道调节钙运输果蝇, 和别的Smorf已经显示出来调节转录因子在发育中的活性调节。

Tschudi和同事发现由42个Smorfs编码的蛋白质的质谱证据,并使用敲低研究表明其中七个是必不可少的t . brucei的矢量生命周期阶段。

这些smORF产品有各种其他的特征,但是需要进一步的工作来确定它们到底在做什么,以及它们运行的机制。

Malcolm McConville在他的'打开问题'文章先前未被遗传的病原体适应组分可能涉及代谢 - 寄生虫的优化对其宿主环境和宿主的新陈代谢的操纵。

但寄生派策略是什么都不是不同的 - 例如,甚至包括刺激明显增加矢量的咬人频率- 因此,回到我们基因组学的局限性的主题,接近任何预测是不明智的t . bruceiSmorf功能过于巨大的信心。

因此,Tschudi和同事的工作使得t . brucei基因组不太明确,它持有的秘密仍然是神秘的。

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