第二代生物燃料生产的目的是使用废弃的碳水化合物原料，如稻草和木材，以避免与粮食生产竞争。为了进一步实现可持续性，日本研究人员开发了一种方法，在塑料包裹的米包中发酵乙醇，在生产用于牛饲料的青贮饲料的同时产生燃料乙醇，而且没有浪费。

在研究发表在对生物燃料的生物技术日本国立农业环境科学研究所的Mitsuo Horita和他的同事们将酶和酵母添加到整捆的水稻中，这样他们就可以将稻草分解成可发酵的糖。

这一过程被称为固态发酵，在六个月的时间里，每公斤米包生产出139.6克乙醇——这是野生酵母自然发酵青贮饲料所产生的乙醇量的10倍。乙醇从包中抽干，通过真空蒸馏很容易回收，得到质量好的燃料级乙醇。与普通青贮饲料相比，联合生产的青贮饲料具有较高的营养价值，含有增加的蛋白质和乳酸(一种稳定剂)。

这一策略作为一种简单的方法，适用于生物乙醇生产的整个过程，很有吸引力，可以在地方范围内由个体农民使用。尽管酶和酵母的消耗成本很高，但这种“农场”解决方案比同等规模的工业生产具有经济效益，因为笨重的原料和产生的汽车燃料的运输成本是最低的。

在农业环境下可持续的生物燃料生产可以给发展中国家的农民带来特别的好处。许多能源安全状况不佳的国家缺乏生产生物燃料的基础设施和投资。在农业生产方面，可以相对容易地引入和扩大规模，并可以发挥协同作用，而不是与粮食供应竞争农业资源。