使用生物医学本体论的疫苗和药物机制和作用的研究

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来宾博客文章Yongqun他, 谁是新推出的系列编辑器“机理和效应研究中的疫苗和药物本体”(VDOSME)主题系列。VDOSME研讨会提供了一个平台,用于讨论生物医学本体论在代表和分析疫苗和药物的开发和应用中的问题和解决方案。在这篇博客文章中,他探讨了本系列中发表的尖端研究如何为该领域做出宝贵的贡献。

疫苗和药物已导致全球公共卫生的显着改善。尽管正在发明治疗性疫苗,但经典疫苗是为了防止出现医疗问题。化学药物通常用于治疗医疗问题。然而,在研究和开发,制造,临床试验,政府批准和调节以及许可后的使用监视和监测中,疫苗和化学药物在研究和开发,临床试验,政府批准和调节中都受到类似的监管。在更广泛的范围中,疫苗是一种特殊的药物。

研究疫苗和药物的机制和作用是具有挑战性的,但至关重要。对机制和效果的基本理解对于合理设计疫苗和药物很重要,并避免宿主的不利影响。疫苗和药物的给药的影响包括两个方面:阳性宿主反应和负不需要的不良宿主反应(即不良影响)。不良事件是一种病理的身体反应,在疫苗或药物给药后发生,并且不违反疫苗和药物使用。不良事件可能是由疫苗或药物的给药引起的,也可能不会引起的。由疫苗或药物给药引起的不良事件称为疫苗或药物的因果不良事件或不良影响。如何确定疫苗/药物管理与宿主反应之间的因果关系一直是一项密集研究的话题。可能涉及许多因素,包括疫苗/药物的制定,剂量,途径和给药频率,宿主基因型,宿主健康状况等。通过给予大量疫苗引起的生物学过程的详细机制药物仍然在很大程度上不清楚。

生物医学本体论是代表生物医学世界中实体及其彼此之间的实体的一组术语。为了支持自动推理,本体术语与文档和定义相关联,并使用正式的本体语言与逻辑上的关系进行组织。本体论已大大改变了生物医学研究的进行。这基因本体论(GO)是为了为不同类型的生物过程,细胞成分和分子函数提供控制和标准化术语而创建的本体论的众所周知的例子。GO允许与基因产物属性的共同表示,而不论原点种类如何。创建基于本体的注释对于查询数据库和分析高吞吐量数据都非常有价值。自从2000年首次出版以来,GO已被广泛使用,正如2,000多个同行评审的出版物所证明的那样,在PubMed中引用了GO,大约30,000个文件引用了Google Scholar中。

那么,我们是否在疫苗和药物区域中有生物医学本体论,如果是,它们如何帮助疫苗和药物研究,开发和临床支持?在过去的几十年中,许多疫苗和药物有关的术语系统和本体学已经开发并具有广泛的用途。例如,受控术语系统国家药物档案 - 参考术语(ndf-rt),Renorm,监管活动的医学词典(Meddra),以及系统化的医学命名法(SNOMED)通常用于表示与疫苗/药物使用相关的药物,疫苗和各种不良事件。最近生成的疫苗本体论(VO)已用于本体论代表疫苗,疫苗制剂和疫苗诱导的免疫反应。这不利事件的本体论(OAE)和不良事件报告本体论(Aero)已用于表示和报告不良事件的各个方面。这些系统已被广泛用于临床和研究环境中。

为科学家提供一个平台,以展示研究进展,分享思想,解决问题并促进合作,以更好地代表和分析疫苗和与药物有关的术语以及临床研究和数据,即研讨会“疫苗和药物本体论研究机制和作用”(Vdosme)于2012年7月21日在德国格拉兹举行并举行。该研讨会是第三届国际生物医学本体论会议的一部分(ICBO 2012)。有关VDOSME 2012的详细信息在线的。在这个研讨会中,六张全长纸和一张短纸口头呈现。讨论了许多主题,包括药物与疫苗本体论信息学之间的关系,与事件有关的本体论的更新以及未来的挑战和机会。研讨会的参与者都同意,这样的研讨会对基于社区的疫苗和与药物有关的本体开发和应用非常有益。邀请了六篇全长论文进行扩展,并接受了在主题系列生物医学语义杂志(JBMS)。

Yongqun他他小组,进行干lab生物信息学研究和湿lab布鲁氏菌微生物学和免疫学研究。他还是实验室医学单位(ulam)和微生物学和免疫学系密歇根大学

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