单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）是一个前沿研究领域，研究基因组事件至单个细胞水平，为许多生物学和医学问题（例如癌症异质性和肿瘤微观进化）提供了前所未有的见解。由于从每个细胞中获得的少量起始生物学材料（RNA），这项技术面临着独特的挑战。结果，与常规RNA测序的对应物相比，SCRNA-SEQ数据更加嘈杂，其中从大量细胞中提取RNA，因此更丰富。此外，随着这种技术的流行，对SCRNA-SEQ数据分析的需求在最近几年中成倍增长，对具有有限的生物信息学经验的基因组学科学家提出了严重的挑战。
我们已经开发了Granatum，这是一种新的图形相互互动的Web工具，旨在赋予科学家很少或没有编程经验的科学家，以独立分析SCRNA-Seq数据。颗粒是石榴的拉丁词，其小的半透明种子生动地类似于scrna-seq中的单个细胞。该网站可在线免费提供这里。不需要单行代码，它可以通过以下一系列分析过程来协助用户：
与出于类似目的开发的其他工具相比，Granatum在分析功能（模块）的最全面列表中脱颖而出，从批处理效应去除（A和B）一直向下降低，以重建所有单个单元（C）下的发育轨迹。
它的友好图形用户界面也是独一无二的，为用户提供了许多可下载和彩色的图和交互式图形。开发团队添加了在线用户手册，YouTube演示视频，并且可以立即回答用户问题。作为其实用程序的证词，这种漂亮的网络工具在发布时吸引了全球数百名用户。
由于这是一个快速发展的领域，颗粒团队会积极更新工具，以更快的速度，更广泛的用户群和更全面的分析方法覆盖范围。当前的插件标准化也正在进行中，以使Granatum成为真正连接最终用户和其他单细胞生物信息学开发人员的工具。
阅读论文：颗粒：基因组学科学家的图形单细胞RNA-seq分析管道学习更多关于加米尔博士的研究小组
注释